卵巢巧克力囊肿也称为卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种类型。囊肿大小不一，直径多在5cm左右，大的能达到10-20cm。因为内含有暗褐色，是巧克力样糊状、陈旧性的血液液体，故又称为卵巢巧克力囊肿。
囊肿增大时，表面呈灰蓝色，囊肿在月经期内出血增多，腔内压力大，特别是近卵巢表面的囊壁容易反复破裂，破裂后囊内容物刺激局部腹膜，发生局部炎性反应和组织纤维化，导致卵巢与邻近的子宫阔韧带、盆腔壁或乙状结肠等紧密粘连，致使卵巢固定在盆腔之内，活动比较差。
如果发生破裂时囊内容物流入盆腔，会引起剧烈的腹痛，伴有恶心、呕吐、和肛门坠胀感。因为卵巢巧克力囊肿可能会引起下腹部疼痛或者痛经，或者引起不孕。有的人会有性交不适的情况，有的人会有月经异常的情况，所以一旦确定为卵巢巧克力囊肿，一般都需要治疗，可以选择药物治疗，必要时选择腹腔镜手术治疗。