飞秒近视手术通常不会出现明显疼痛感，目前飞秒激光手术已经应用在眼科临床上很多年，主要用于治疗近视眼。做飞秒激光手术的过程当中，主要是在术前眼睛内滴用表面麻醉药，一般滴2-3次，麻醉时间在20分钟左右，通常是在角膜质瓣、角膜基质层进行磨削。全飞秒激光手术并不质瓣，只是在角膜做一个约4mm的切口。
由于飞秒手术比较快，而且手术是在表麻下进行，故患者一般感觉不到明显疼痛，且术后角膜上皮恢复特别快，多数患者术后不会出现明显眼睛疼痛及不适。有一些感觉比较敏感的患者，可能会出现轻微的眼部不适及轻微的疼痛感，但此种疼痛可以忍受，并没有明显的疼痛感，通过滴用一些滴眼剂就可以缓解症状，疼痛症状就会消失。一般术后1-2天视力就可明显恢复，完全手术恢复大约需要一周。