严重功能性消化不良是由于生活和饮食不规律引起，一般是由于慢性胃炎、胃溃疡以及十二指肠溃疡等，这些疾病都会受到幽门螺杆菌和胃酸侵蚀的影响，导致胃肠功能出现障碍。所以出现严重功能性消化不良时，需要到医院进一步检查，明确其病因，再针对原发病进行治疗，常用的助消化药物有乳酸菌素片或者多酶片。如果是慢性胃炎导致的消化不良，需要服用抑制胃酸分泌和保护胃黏膜的药物，如泮托拉唑和胶体果胶铋。
根据患者的情况，在临床上可以将心情疏导调节、调节器质共同进行，患者可以多听一些音乐、多参加一些户外活动等，避免紧张、焦虑、烦闷、抑郁的情绪，消化不良的情况也可以得到一定程度的缓解。另外由于情志抑制导致的精神萎靡、消化不良，也可以服用三环类抗抑郁药，治疗精神症状更为明显的功能性消化不良的患者。所以，出现严重的功能性消化不良需要明确病因，根据病因确定合适的治疗方案。