不同程度的肛瘘，治疗方法是不一样的。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛周脓肿切开引流术后，或肛周脓肿自行破溃、脓液溢出后的慢性炎症病变。肛瘘有间歇期和发作期，间歇期会完全没有症状，可以不用药物治疗。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取抗生素抗感染治疗，暂时缓解症状。
肛周脓肿超过三个月以后，如果明确形成肛瘘瘘管，而且肛瘘反复发作，最佳的治疗方法就是手术。肛瘘的手术方式有很多，具体手术方式要根据患者具体病情决定，根据肛瘘的复杂程度决定。单纯切开术、肛瘘切除术可以治疗简单性肛瘘；直肠内推移皮瓣技术、括约肌间瘘管结扎术可用于治疗复杂性肛瘘；高位肛瘘，需要做高位挂线、低位切开引流术。