对于新生儿肠闭锁的治疗方法，就是外科手术治疗，手术是唯一有效的治疗方法。手术治疗的早晚、术前的准备以及术后的护理，直接影响肠闭锁的预后。
一旦确诊，应该即刻进行胃肠减压，尤其要防止高位闭锁引起的严重腹胀、呕吐，从而引起的新生儿窒息，或者是发生吸入性的肺炎。同时也要给予补液，因为肠闭锁的患儿在术前暂不能进食，所以要经静脉补充液量或者营养液，还要补充维生素K、维生素C等。一般术后也要进行3-4天的胃肠减压，一旦肛门排气，可以进行胃肠道内少量的喂养，肠闭锁手术的预后都比较好。