引起阴茎疼痛的病因比较复杂，需要结合伴随症状来进行分析。在疲软状态下感觉到阴茎疼痛，多见于尿道、膀胱以及前列腺的炎症，还有结石，表现为排尿或排尿后的尿道内刺痛、烧灼感，这一类疾病多同时伴有排尿异常，如尿频、尿急、尿痛等。
包皮嵌顿时静脉回流障碍，阴茎胀痛明显，阴茎勃起时疼痛多见于阴茎海绵体硬结症、尿道下裂或阴茎的异常勃起，阴茎头或尿道病变引起的阴茎疼痛，应当排除特异性感染，如性传播疾病。
应当仔细检查阴茎头是否有溃疡、疱疹、糜烂以及尿道外口有无脓性分泌物，因此当出现阴茎疼痛的时候，要结合伴随症状以及必要的辅助检查，进行病因学的诊断，然后再给予相应的处理。