注射胸腺肽的副作用主要是恶心、发热、头晕、胸闷、乏力等，少数病人还会出现嗜睡的症状。胸腺肽可以提高人体的免疫力，因为胸腺肽里面包含一部分的激素，可以诱导人体免疫细胞分化成熟，增强免疫细胞的生成。对于人体，特别是体质偏弱的人或老年人长期应用，会起到积极的预防疾病的作用。
胸腺肽作为免疫调节剂，不建议长期应用，应该在医生的指导下应用，以免出现过分的免疫应答而导致相关的疾病。胸腺肽在肿瘤的病人当中应用比较广泛，也可用于各型的重型肝炎、慢性活动性肝炎、肝硬化以及带状疱疹、生殖器疱疹、尖锐湿疣等，还可以用于各种免疫性疾病。