颅底凹陷症可以通过手术来治疗，颅底凹陷是枕大孔畸形最常见的一种，主要以枕大孔为中心的颅底骨质内翻，寰椎向内陷入，齿状突高于正常水平进入后颅窝，挤压延髓以及后颅窝的脑组织引起症状，经常合并有小脑扁桃体下疝。也有一部分患者虽然有骨质的发育畸形，但是没有明显的症状，这时候也可以继续观察。一旦出现症状之后就可以手术治疗，手术的方式主要有后颅窝减压术以及经颈部或者咽部做前路减压，去除枕大孔前缘、寰椎前弓以及齿状突，这样就可以解除对延髓的压迫以缓解症状。