男性射精之后发现精子呈褐色主要是由于精囊炎引起。如果精囊炎在感染恢复的终末期，一般能够自愈，但是患者应该明确是否有其他的不适症状，比如局部的疼痛、发热以及射精之后出现泌尿生殖道的烧灼样感觉。建议患者检查精液常规，明确精液当中是否有白细胞或者其他红细胞的成分。如果在精囊炎恢复末期，这种情况可以自愈，但是如果精液当中还有白细胞，需要口服抗生素，对症治疗之后才会好转。往往是由于陈旧性的积血在精囊当中逐渐沉积，而在精液排出的过程当中随之排出体外，一般属于慢性疾病。对于急性的精囊炎，如果血色逐渐加重，甚至有鲜红色的血液排出，需要及时治疗，不能等待观察，否则会有疾病加重的情况，导致输尿管梗阻，容易引起不育。