吃了桂附地黄丸，极少数患者可能会发生过敏反应，如皮疹、瘙痒等，对此药过敏者禁用，会有少数患者服药后出现恶心、纳差、胃部不适等胃肠道反应，出现胃肠道反应的患者可以饭后服药，起到保护胃肠道黏膜的作用。
桂附地黄丸属于中成药类非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用，还是比较安全的。上市后不良反应报道显示患者大都耐受性良好，不良反应较少，但过量或者长期服用会增加不良反应发生的频率和程度。此药偏于温热，过量服用会使少数患者出现上火的症状，不可以自行长期服药，服药两周症状无缓解应去医院就诊。