舌根部淋巴滤泡增生如果不是特别大，没有咽部异物感或者不舒服的感觉，可以不予治疗。如果出现咽干、咽痒，咽异物感比较明显，可以用口喷药物、口含药物以及清热解毒的药物联合治疗。
舌根部淋巴滤泡增生多由于胃食道反流，由于胃酸刺激引起舌根部淋巴滤泡增生。可以口服抑酸药物、保护胃黏膜的药物，这样胃炎治好以后，滤泡增生的情况可以有所缓解。在平时的饮食方面避免辛辣、刺激的食物，多进行清淡饮食，也有利于咽炎的治疗。