男性沙眼衣原体阳性，通常是由于直接或间接接触了沙眼衣原体而被传染，传染的血清型不一样，所得的疾病也不同。
如果传染的是沙眼衣原体A、B、C血清型，就会得沙眼，这是通过眼–眼或者是眼–手–眼的途径而传染。如果接触的是沙眼衣原体血清型D-K这些血清型，会得男性的非淋菌性尿道炎或者是附睾炎、睾丸炎，这是一种性传播疾病。如果接触的是沙眼衣原体LGV型，所得的疾病就是性病淋巴肉芽肿。
沙眼衣原体是一种原核微生物，寄生在人体的细胞内，被感染以后一般使用大环内酯类药物，比较敏感，可以很快治愈。但是如果久治不愈形成慢性，就应该做药物敏感试验，从中选择更加敏感的抗生素，杀灭这些微生物。