诊断乳糖不耐受，主要是看患者摄入过量的乳制品后出现胃肠道的反应。如果诊断患者确实有乳糖不耐受，在过量摄入乳品后可以出现相应的临床反应。但是，每个人出现反应的时间是不同的，通常在30分钟之内出现，但也有人在两小时后左右才出现反应。
如果需要确诊乳糖不耐受，应当进行下面测试。需要确诊的患者，应当隔夜进食后摄入25g的乳糖，如果这些乳糖无法被消化，就会在肠道细菌代谢下产生氢气或甲烷，这两种气体可以被医疗器械检测出来，整个过程大概需要2-3个小时。如果病人呼吸中的氢气或甲烷含量高，就提示乳糖不耐受的几率大，这是目前最为准确的乳糖不耐受的检测方法。