半夜遗精后尿道刺痛最常见于慢性前列腺炎引起的生殖道感染，病人出现生殖道感染时，会导致精液内有大量致病微生物，当精液排到后尿道后，出现尿道黏膜红肿、糜烂，会出现尿道刺痛症状。
病人出现遗精后尿道刺痛症状时，需及时到泌尿外科就医，通过精液细菌培养，还有精液支原体、衣原体培养，常常能找到致病微生物，通过选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散、阿奇霉素分散片、左氧氟沙星片等药物，多数男性半夜遗精后尿道刺痛症状会彻底好转。