肺结核最好的确诊方式是结核菌培养，这是一个准确、可靠的结果。灵敏度明显高于痰涂片，常作为结核病诊断的金标准，但是培养周期比较长，一般为2-8周，培养阳性后需要行药物敏感性检测，以指导抗结核药物的选择和尽早发现耐药结核。
另外，诊断肺结核也一定要根据胸部CT的检查结果，因为胸部CT比X线胸片检查更敏感，其能发现隐匿的胸部微小病变和气管、支气管内的病变，并能清晰显示肺结核病变的特点和性质，病灶与支气管的关系，以及纵隔淋巴结有无肿大等等。此外，胸片和直接涂片抗酸杆菌的镜检是比较简单、快速、易行和相对可靠的方法，对于检出抗酸杆菌，诊断肺结核也具有极其重要的意义。