米索前列醇口服和阴道塞药的主要区别就是一个吸收比较快，另一个吸收比较慢，快的吸收就会发挥更快的作用，慢的吸收发挥药物的作用就会迟一些。在临床上用米索前列醇口服的情况下绝大多数是用于药物流产，第三天服用米索前列醇，促进子宫收缩，使宫内的妊娠产物排出，绝大部分在服药之后20分钟左右就会出现下腹部疼痛、阴道流血，然后会排出妊娠产物。
如果是阴道塞米索前列醇，临床上常常用于取环的时候宫颈比较坚硬，为了软化宫颈可以把米索前列醇塞入阴道后穹窿，绝大部分在上午塞药，下午可以做手术。如果是用于月份比较大的药物流产，比如已经怀孕8周以上，头臀径大于2cm，需要终止妊娠，就会把米索前列醇塞入阴道后穹窿，大约在24小时之后会出现下腹部疼痛，排出妊娠产物。