三个月宝宝睾丸一边大一边小主要考虑如下几种情况：
1、鞘膜积液：是先天性的腹膜鞘突未闭合导致腹腔内液体流出，积聚到阴囊的睾丸鞘突腔内，从而导致一侧的阴囊看上去比另一侧大。这种情况一岁以内的患儿可观察，看能否自愈，超过一岁则建议择期进行手术。
2、隐睾：是指睾丸没有下降到阴囊内而导致的一种疾病，因为一侧阴囊内没有睾丸，所以空虚，导致看上去比另外一侧的阴囊要小。隐睾的孩子在半岁之内可以观察，如果超过半岁，睾丸仍然没有下降到阴囊内，则建议在两岁之内及时手术。
3、睾丸肿瘤：这种情况相对来说比较少见，一般是一侧的睾丸有质硬、没有明显痛感的肿物，这种情况则建议及时就诊进一步检查、治疗。