婴儿的肛瘘一般是不能够自愈的。肛瘘的发病根源是因为它存在原发性的内口，由内口进入致病菌，会产生化脓感染，因为内口的持续存在，这个病一般是不能够自愈的。肛瘘是通过手术才能够治愈的疾病，它的手术最主要目的是切除原发性的内口，然后把病理性的瘘道切除，长出新鲜的组织，这个病才能够治愈。但是婴儿因为还在生长发育，一般临床上不建议给婴儿做肛瘘的手术，因为在做手术的时候会破坏很多括约肌，会导致婴儿后期生长发育的肛门畸形。所以婴儿如果有这个疾病，一般等到16岁或者成年之后才做手术治疗。