肺炎支原体感染要选择能够抗肺炎支原体的药物，一般包括大环内酯类或喹诺酮类药物，大环内酯类常用的有阿奇霉素、罗红霉素或红霉素，喹诺酮类药物包括左氧氟沙星、盐酸环丙沙星、盐酸莫西沙星，喹诺酮类药物需要年龄＞18岁，大环内酯类可应用于儿童，可多选择。
患者也可应用克林霉素、克拉霉素或者是四环素类药物，如盐酸多西环素来抗支原体治疗。一般支原体肺炎治疗周期较长，咳嗽持续时间较长，一般会出现4-6周，除抗感染治疗外，需要应用止咳化痰的药物对症治疗。