巧克力囊肿如果症状不是很严重，可以服用中药进行调理，比如当归四物汤，可以活血化瘀、缓解巧克力囊肿的症状。如果对服用药物治疗效果不好的患者或者症状比较严重的患者，可以使用腹腔镜微创手术进行治疗，注意术后有部分患者会出现复发，术后要做好护理工作，比养成良好的作息时间，不要过度劳累，多运动，增加自身的免疫功能，不可以服用避孕药，否则就会刺激机体导致巧克力囊肿复发。巧克力囊肿最好的治疗方式就是妊娠，因为怀孕后女性子宫内膜不会出现脱落，从而缓解巧克力囊肿病情。