细菌性龟头炎的患者可以直接使用莫匹罗星软膏来进行治疗，一般直接外涂于龟头表面，尤其是红肿的部位，进行抗感染治疗，从而达到治愈的目的。使用前最好能使用外洗液进行局部的清洗，清洗完毕后再外涂软膏进行治疗。部分患者外涂以后可能会有轻微的烧灼感，如果比较轻微，可以继续再观察。如果比较严重，需要到医院进一步的调整用药。
患者在使用时尽可能使用棉签或者棉棒，均匀的涂抹在龟头周围，原则上，治疗疗程为5-7天，如果连续治疗三天以上，症状没有任何的改善，则不建议再继续使用，需要到医院复诊，必要时做出相应的调整。治疗期间需要禁忌性生活，同时要保持外生殖器的清洁和干燥，尤其是排尿完毕以后，尽可能将局部残留的尿渍擦干。