肛周湿疹的治疗，最关键的是帮助患者去寻找患肛周湿疹的潜在原因，最关键的先要请患者去肛肠外科会一下诊，因为很多肛周湿疹的病人是因为有一些肛肠疾病所导致的，比如肛瘘或者痔疮，慢慢的刺激了肛周的皮肤才引起湿疹。如果没有发现这些病，没有控制这些病，肛周湿疹很难很好的得到控制，所以这是最重要的。
排除这些病或者已经控制好了这些病以后，皮肤科再给予积极的治疗，才能达到更好的效果。但是还有些人是跟穿着的习惯有关系，要告诉病人要穿比较宽松、比较透气的内衣，女性还要注意是否有卫生巾过敏的情况。肛周湿疹的用药，以坐浴的药和外用的药为主，严重的时候也是可以吃一些止痒的、帮助睡眠的药物。在坐浴的药物里，西医建议用3%的硼酸溶液，而中药以茵陈和苦参的洗剂效果是最好的。外用的药膏，可以用一些中效的皮质类固醇激素。