泮托拉唑比奥美拉唑要好一些，泮托拉唑和奥美拉唑都属于质子泵抑制剂，但是在临床效果和副作用上有一定的差别。质子泵抑制剂是治疗消化道溃疡最先进的一类药物，常见的有五种药，第一代奥美拉唑，第二代兰索拉唑钠，第三代泮托拉唑、雷贝拉唑钠和埃索美拉唑镁，五种药物临床应用大致相同，但不良反应效果有较大的区别，要根据患者的病情来区分选择。
奥美拉唑常见的副作用有头痛、恶心、腹泻、便秘和腹胀等症状，泮托拉唑作为第三代质子泵抑制剂，副作用比较少，仅有轻微的头痛、腹泻、恶心等症状，生物利用度比奥美拉唑提高了七倍，并且与其他药物配伍使用时，安全性和有效性均高于奥美拉唑，所以泮托拉唑在临床上应用比较广泛。