对于感染性心内膜炎的治疗，抗生素是最重要的治疗措施，选择抗生素时要根据病原培养的结果，选择对于病原菌敏感的抗生素进行对症治疗。
通常可以采用的抗生素有β-内酰胺类药物、头孢菌素类药物、沙星类药物、氨基糖甙类药物，都可以治疗感染性心内膜炎。
但是对于药物难治型的感染性心内膜炎，要考虑进行人工瓣膜置换术，对于上述患者，一定要注意抗生素出现的不良反应。在进行内镜操作时，也应该预防性的应用一定抗生素，同时患者要防寒保暖，避免感冒等加重疾病。