长期痛经是否会影响怀孕需根据情况而定，原发性痛经一般不影响怀孕，继发性痛经会影响怀孕，主要分析如下：
1、原发性痛经：即没有器质性病变，而是因为体内前列腺素水平增高导致子宫缺血、缺氧，引起的子宫收缩疼痛，此时一般不会影响怀孕。
2、继发性痛经：继发于某些疾病，常见的有盆腔炎、子宫内膜炎、输卵管炎、卵巢炎等。还有一种不好的情况是合并子宫腺肌症，通常是子宫内膜异位到子宫的肌层所致。子宫内膜如果异位到卵巢上，引起卵巢的囊肿，称为巧克力囊肿。子宫内膜异位症也会引起痛经，而且会影响到怀孕。因为怀孕要有正常的精子和卵子结合成受精卵，之后在宫腔里面着床，再发育成一个胚胎，慢慢生长为一个胎儿。但如果有子宫腺肌症，宫腔的环境就会不好，也就是没有很好适宜受精卵着床生长的环境。如果是卵巢上面的内膜异位症，会影响到卵巢功能，从而影响排卵，也会影响怀孕。盆腔炎症也会影响到怀孕，甚至于会导致宫外孕。所以，继发性痛经会影响怀孕。