MTX是甲氨蝶呤，采用甲氨蝶呤进行化疗的话，最常见的不良反应是骨髓功能的抑制和黏膜的损伤。其中骨髓功能抑制可以表现为白细胞的减少，主要是中性粒细胞的减少，严重的病人可以继发感染的表现，出现寒战、高热等症状，需要给予抗感染的药物治疗，并且给予升白细胞的药物治疗。
甲氨蝶呤造成的黏膜损伤可以表现为口腔炎、黏膜炎、舌炎、胃黏膜的损伤、肠炎等情况，患者可以出现恶心、呕吐、食欲减退、进食减少、腹痛、腹泻等症状。