消化不良一般不引起头痛，但如果功能性消化不良本身很焦虑，则会引起头痛。如果确诊为功能性疾病，则应进行心理疏导，在消化不良时可口服乳酸菌素片、整肠生，并多饮温开水，饮食做到规律，进食营养丰富、易消化的食物，避免生冷、硬、辛辣刺激性等食物，少量多餐，避免暴饮暴食，戒烟、酒，多吃新鲜的蔬菜、水果，注意保暖，避免腹部受凉。
功能性消化不良是一种常见的功能性疾病，多与精神因素有关。但诊断之前必须排除器质性疾病的可能，建议做相关的检查明确有无器质性疾病。