由于阴茎疱疹是病毒感染，所以并没有根治的方法。阴茎疱疹属于生殖器疱疹的一种，为HSV-1或者HSV-2感染所导致，一般要靠自身抵抗力来使病毒逐渐清除。临床上所谓的抗病毒治疗，主要是为了缓解症状、减轻疼痛、缩短病程，防止继发感染，预防和减少复发，而并非能够达到根治的目的。
在治疗上，主要是保持局部清洁、干燥，每天清洗，疼痛者可以口服止痛药，并发细菌感染者，一般用抗生素药膏来治疗，疼痛明显者，也可以外涂利多卡因乳膏，使用阿昔洛韦、更昔洛韦或者伐昔洛韦口服，进行抗病毒治疗，局部也可以使用更昔洛韦或者喷昔洛韦乳膏，一般初发的阴茎疱疹，疗程稍微长一些，复发的疗程可以稍短，一年之内特别容易复发，但一般复发的症状不如初发时的症状重。平时应该禁止性生活，预防生殖器疱疹，采用保护措施，增强体质，适当锻炼，这样才能减少复发的机会。