牙周炎疼可以吃头孢类的抗生素和甲硝唑类的药物，因为牙周炎是以厌氧菌为主的混合感染，所以建议口服头孢类的抗生素和甲硝唑类的药物。甲硝唑类的药物可以控制厌氧菌大量繁殖，临床上常用的有甲硝唑、替硝唑、奥硝唑。
其他的混合细菌，可以通过头孢类药物进行抑制，临床上常用的头孢类的药物，有头孢唑林钠、头孢甲肟、头孢克肟、头孢哌酮、头孢曲松等，但是出现了牙周炎，口服抗生素不是主要的治疗手段，主要的应该进行局部治疗。应该认真刷牙，控制菌斑、控制炎症，再外用碘甘油，然后到正规医院的口腔科进行牙龈沟或牙周袋冲洗，去除龈沟内的游离细菌，改变龈沟内的厌氧环境，抑制厌氧菌大量繁殖。炎症初步控制以后，再进行洁治、刮治，去除牙石。