阿米巴肠病大便呈暗红色、果酱样、腥臭、粪质多、含血及黏液，在粪便中可以检测到滋养体和包囊。粪便标本必须新鲜，因为滋养体在被排出后半小时就会丧失活性，发生形态的改变。粪便做生理盐水涂片检查，可见大量聚团状红细胞、少量白细胞和夏科-雷登晶体，检查到伸展伪足活动、吞噬红细胞的阿米巴滋养体，具有诊断意义。成形的粪便中可先检测涂片找包囊，也可经过碘液或苏木素染色后观察包囊结构。
阿米巴肠病患者可以分为轻型、普通型和重型，可如下所示：
1、轻型：此型患者临床症状轻微，表现为腹痛、腹泻，粪便中可以有溶组织内阿米巴滋养体和包囊，肠道病变轻微，可以产生特异性抗体，当抵抗力下降时，可发生痢疾样症状；
2、普通型：此型为最常见的阿米巴肠病，起病缓慢，全身症状轻微，可以有低热，出现腹部不适、腹泻，典型表现为黏液血便且呈果酱样，每天大便3-10次；
3、重型：此型患者比较少见，多发生在严重感染、体弱、营养不良的患者，起病急，全身中毒症状重，可以出现剧烈的腹痛、腹泻和黏液血便。