急性胆囊炎患者首选的抗菌素是头孢类，如头孢唑肟、头孢哌酮钠他唑巴坦钠，由于常合并厌氧菌感染需联合应用甲硝唑、奥硝唑等抗厌氧菌的药物。
急性胆囊炎多合并有细菌感染，患者会出现剧烈的右上腹部疼痛，如出现胆管炎，还会伴有寒战高热、黄疸等临床表现，这样的患者需用抗菌素控制感染，在应用抗菌素方面需行血细菌培养，根据培养细菌的结果以及药敏试验选用敏感的抗菌素进行治疗。
目前急性胆囊炎临床上常用的抗菌素以三代头孢为主，如果胆囊炎反复发作，尤其是伴有胆囊结石的患者，则经抗菌素治疗效果不理想或症状加重，需行胆囊切除手术治疗。