慢性溃疡性结肠炎的主要症状有腹泻、黏液脓血便、腹痛、腹胀，严重病例有食欲不振、恶心、呕吐以及发烧的表现。溃疡性结肠炎主要是因为免疫功能紊乱导致肠道多发溃疡性病变，起病多数缓慢，偶见急性暴发起病。病程呈慢性的经过，大多表现为发作期与缓解期交替，部分患者在发作间期可因饮食失调、劳累、精神刺激、感染等诱发或加重症状。
最常见的消化系统表现是腹泻和黏液脓血便，除此之外，还有腹痛、腹胀等表现，其全身的表现一般出现在比较严重程度的患者，主要有消瘦、贫血、低蛋白血症、水电解质平衡紊乱等表现。此外，还会有一些肠外的表现，比如外周关节炎、结节性红斑、巩膜外层炎、口腔复发性溃疡等等，确诊慢性溃疡性结肠炎需要做结肠镜检查以及组织病理活检来进行判断。