甲硝唑不能够治疗霉菌性阴道炎，霉菌性阴道炎的学名又称为外阴阴道假丝酵母菌病，曾经也称作外阴阴道念珠菌病，是由假丝酵母菌引起的常见外阴阴道炎症，假丝酵母菌是机会致病菌，是属于真菌。所以治疗霉菌性阴道炎时最常选用局部或者全身的抗真菌药物，一般治疗霉菌性阴道炎主要选用的药物包括克霉唑、制霉菌素栓，阴道上药，也可以选用达克宁栓阴道上药，这都是抗真菌的药物，也可以使用口服氟康唑等抗真菌药物顿服。
甲硝唑是治疗细菌性阴道病和滴虫性阴道炎的主要用药，甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长，但不影响乳酸杆菌的生长，是治疗细菌性阴道病非常理想的治疗药物，甲硝唑也是治疗滴虫性阴道炎的主要用药，但并不能治疗霉菌性阴道炎。