12岁孩子头疼的原因一般常见有以下几个方面：
1、继发性疾病：存在有颅内感染，如细菌性、病毒性、结核性的脑炎，或者是存在颅内的占位性病变，比如脑肿瘤，或者是孩子存在有脑血管畸形导致脑水肿、脑出血，也可能引起头疼的症状。
2、邻近器官病变：比如口腔科的牙疼、眼科近视、耳鼻喉科的鼻窦炎、骨科的颈椎病，也可以导致12岁孩子出现头疼情况。
3、神经性头痛：也就是通常所说的偏头疼，这种情况大多存在有家族史，也就是孩子的父母可能存在有偏头疼的情况。
4、非疾病因素：环境刺激、休息不佳，以及孩子精神高度紧张、情绪不稳定等，都可能会导致孩子出现头疼发作的情况。