上尿路感染最常用的是静脉点滴抗生素治疗，有利于快速控制感染，比如氟喹诺酮类药物中的左氧氟沙星、环丙沙星、莫西沙星等等，或者使用氨基糖甙类，比如依替米星，头孢菌素类，比如头孢噻肟、头孢曲松，以及大环内酯类，比如阿奇霉素，都属于广谱抗生素。
静脉点滴抗生素治疗的同时进行细菌培养，包括血培养和尿培养，而后根据血培养、尿培养细菌的结果，以及药物敏感性试验及时调整为窄谱抗生素，大多数人5-7天症状能够平稳下来，而后改为口服抗生素进行治疗，口服药常用的有左氧氟沙星、环丙沙星、洛美沙星、阿奇霉素、头孢地尼、头孢克肟、磷霉素等等，通常建议治疗的疗程至少2-4周。