核磁共振一般情况下不能排除骨癌，核磁共振可以清晰地显示软组织受累及的范围，但是不能确认肿瘤细胞。核磁共振的原理是根据氢原子核确认病变，但是由于恶性肿瘤细胞和正常细胞均含有大量的氢原子核，而且无明显的显著区别，因此核磁共振不能通过密度的变化确认骨癌的存在，仅能提示局部有骨破坏。
至于是良性骨肿瘤，还是恶性骨肿瘤或者是骨结核等，则难以完全区分开来。一般临床上会采用病理组织学检查确认，是确认肿瘤唯一、可靠的检查方法，包括切开活检和穿刺活检两种。