小脑萎缩的治疗应根据病因，包括酒精中毒，长期大量饮酒可导致小脑萎缩和共济失调，应及时停止饮酒。维生素缺乏，补充大量维生素B。多系统萎缩及遗传因素，目前尚无有效的治疗药物，临床治疗可采用鸡尾酒疗法结合经颅磁刺激，以改善小脑细胞功能，缓解症状。
小脑萎缩是由基因改变引起的一种遗传病，目前医学技术无法治愈，然而适当的治疗可以减轻患者的症状，控制疾病的发展，延长患者的生命。对于脑血管疾病引起的缺血持续发展，如脑动脉硬化，如果不加以治疗，就会逐渐加重。根据脑血管病治疗的原则，给予抗凝剂、血管扩张剂、改善脑功能的药物，以防止脑细胞持续萎缩或延缓其发展，从而达到治疗目的。