制霉菌素可以用50000-100000U/mL的水混悬液涂布，涂布于鹅口疮创面上，每2-3小时一次，涂布后可以咽下。制霉菌素属于四烯类抗生素，一毫克相当于2000U。平时宜于低温保存，它不易被肠道吸收，故多用于治疗皮肤黏膜以及消化道的白色念珠菌感染，也可以用含漱剂漱口，或制成含片、乳剂等。
真霉菌素的抑菌作用可能是通过破坏细胞膜释放钾，从而引起细胞内糖原分解中止，而失去活力。制霉菌素也可以口服，副作用小，偶尔可以引起恶心、腹泻或者食欲减退。一般局部应用口感比较差，可以应用7-10天。所以应用制霉菌素7-10天，每2-3小时涂一次。