幼儿特发性关节炎不经过治疗是不会自愈的。这种疾病本身就不是自限性的疾病，如果不治疗，其不会自我恢复。而该类疾病一旦发作，可能会引起非常严重的后果。这类的自身免疫性的结缔组织疾病往往病变范围非常的广泛而且会引起关节的严重破坏，如导致关节的骨质破坏，滑膜增生等等。这些变化可能会使关节产生严重的畸形并且使关节功能产生毁损，继而导致患者残疾。在某些非常严重的情况下，还有可能危及患者的生命。另外在该类疾病发作的时候，可能在急性期会出现非常严重的全身性症状，如高热、寒战甚至抽搐，所以在急性期，有必要对上述症状进行对症处理。最后该类疾病即使是经过了正规的治疗，也可能遗留相关的残疾症状。所以综上所述，患有该类疾病的患者一定要积极的配合医生治疗，尽量避免相关并发症的发生。