13价肺炎疫苗常见的不良反应是发热，注射部位可以出现红斑、硬结、肿胀、疼痛，包括触痛，还会出现食欲下降、易激惹、嗜睡、入睡困难、腹泻、呕吐、皮疹等，有时体温可以超过39℃，注射部位的红肿可以大于2.4cm，还有疼痛，并且影响运动。
少见的不良反应可见荨麻疹或者是荨麻疹样皮疹，注射部位出现硬结、肿胀、红肿，可以大于7cm。还会出现过敏的反应，包括面部水肿、呼吸困难和支气管痉挛等，可发生低张力、低反应时间，或者是惊厥，包括热性惊厥。患者存在严重的不良反应，应该及时就诊。