食管裂孔疝的内科治疗，主要是降低腹内压力、减少反流。治疗的原则是消除疝形成的诱因，控制胃食管反流、促进食管排空以及减少胃酸。常用的药物有抑酸药，包括质子泵抑制剂和H2受体拮抗剂，质子泵抑制剂抑制基础与刺激后的胃酸分泌，是治疗食管裂孔疝的反流比较有效的药物。为了防止夜间性酸突破的发生，对于部分需要严格控制胃酸分泌的患者，可以在早晨用一次质子泵抑制剂的基础上，临睡前加用一次，其与H2受体拮抗剂有协同作用，另外，要给予制酸剂和胃黏膜保护剂，目前常用的有氢氧化铝、碳酸钙、铝碳酸镁，胃黏膜保护剂可以在受损的黏膜面形成保护膜，以隔绝有害物质的进一步侵蚀，有利于受损黏膜的愈合。最后要给予促进胃动力药，如多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等。
在药物治疗的同时，要避免辛辣、生冷等刺激性食物，避免暴饮暴食。日常生活中要少食多餐，多运动。