消化性溃疡治疗的目的是消除病因、缓解症状、愈合溃疡、防止复发和防止并发症，针对病因的治疗包括有生活、饮食习惯的调节，以及根除幽门螺杆菌、抑制胃酸等。一般治疗包括生活规律，避免过度的劳累和精神紧张，注意饮食规律，要戒烟、戒酒，对于服用非甾体类消炎药的人群需要停用该药。抑制胃酸的药物包括有质子泵抑制剂，常见的药物有奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等等，以及H受体阻滞剂，包括有法莫替丁、雷尼替丁。
此外，保护胃黏膜的药物也可以缓解消化性溃疡的症状，以及促进溃疡的愈合，常见保护胃黏膜药物有铝碳酸镁、硫糖铝等等。根除幽门螺杆菌可以达到治愈溃疡的目的，清除幽门螺杆菌之后，可以消除溃疡的致病因素。根除幽门螺杆菌，通常采取四联抗幽门螺杆菌药物来进行治疗，其中包括一种质子泵抑制剂，两种抗生素，比如阿莫西林、甲硝唑、克拉霉素、四环素等等，选择其中两种。此外，枸橼酸铋钾也是四联疗法中的一种药物。对于有消化性溃疡伴有大量出血，或者有幽门梗阻、急性穿孔，或者是有癌变可能的，需要采取外科手术治疗。