病毒性脑炎通常起病比较急，在病程早期，多数患者会表现为发烧，可以表现为低热，也可以表现为高热，发热的同时通常会伴有不同程度的头疼，也可以出现全身症状，比如全身关节及肌肉酸痛、乏力、倦怠，还可以出现消化道症状，比如食欲减退。随着病情进展，发烧、头疼可能会逐渐加重，头疼一般在不发烧时也可以出现。
另外，随着颅压增高，患者可能会出现呕吐，颈部逐渐出现强直。颈强直程度根据患者病情严重程度有所不同，有些患者可能仅表现为颈部发硬，而有些患者颈部强直可能比较明显。对于出现发烧、持续头疼及呕吐、颈部发硬、颈部强直的患者，要高度警惕是否为中枢神经系统的感染，病毒性脑炎通常需要进行病毒抗体筛查才能够最终确定。