甲肝减毒疫苗和甲肝灭活疫苗由于制备原理不同，在有效性和安全性上存在差异。相对于减毒疫苗，灭活疫苗有更好的稳定性。相对于灭活疫苗，减毒疫苗反应更迅速、免疫力更强。灭活疫苗需要接种两支，两支间隔六个月的时间，减毒疫苗只接种一支就可以。
减毒疫苗和灭活疫苗都是通过侵入人体，引起人体的免疫反应，从而使人体产生免疫记忆来达到免疫效果。接种甲型肝炎疫苗之后，八周左右便可以产生很高的抗体，获得良好的免疫力，抗体阳性率可以达到98%-100%，具有良好的免疫持久性，免疫力一般可以持续5-10年。针对于体质虚弱、有基础疾病的患者以及婴幼儿，建议应用灭活疫苗，针对于健康成年人可以应用减毒疫苗。