核磁共振检查可以查出的疾病比较多，一般多用于中枢神经系统、脊髓等，还有关节、四肢、骨肌等方面的诊断。因为磁共振的软组织分辨率高，在显示软组织方面有独特的优势，因此在骨肌系统方面应用比较广泛，例如常见的关节、韧带以及骨髓内的病变，这些都可以通过磁共振做出诊断。
在中枢方面，磁共振显示神经效果良好，可以更好的显示出病变与周围组织结构的关系，以及病变累及或侵犯周围组织结构的范围。