肺动脉高压起病的主要原因目前尚不是很明确，但是大部分认为与遗传、自身免疫及肺血管内皮、平滑肌功能障碍等因素有关。有11%-40%的散发的肺动脉高压患者存在骨形成蛋白受体Ⅱ基因的变异，有些病例存在激活素受体样激酶基因的变异，免疫调节作用也可能参与整个病理的过程。肺血管的收缩和舒张由肺血管内皮分泌的收缩和舒张因子共同调控，因此也可以导致肺血管平滑肌收缩，从而引起肺动脉高压。