阿昔洛韦乳膏是抗病毒的乳膏，主要是对疱疹病毒引起的感染有效，比如单纯疱疹、带状疱疹。扁平疣是由人类乳头瘤病毒感染皮肤黏膜导致的良性赘生物，目前没有研究能够证明阿昔洛韦对人类乳头瘤病毒有效，所以阿昔洛韦乳膏不能用于治疗扁平疣。
扁平疣可以选择物理治疗，如液氮冷冻、二氧化碳激光、电离子灼烧等。如果不喜欢物理治疗，愿意在家进行外用药治疗，也可以选择维A酸软膏、咪喹莫特乳膏、他扎罗汀乳膏，以及重组人干扰素α2b凝胶，都可以有效抑制病毒的复制，从而达到治疗的目的。因此，阿昔洛韦乳膏不能用于扁平疣的治疗，是无效的。