疱疹性咽炎的典型症状有全身症状、起病迅速、突然发热和咽疼，一般为低烧或者中度发热，部分患者可出现高烧，严重者可高达40℃以上。
对于患儿，可以引起惊厥，发烧可持续2-4天，咽疼比较明显，严重者可以影响吞咽。
局部的典型症状为口腔咽颊部有疱疹，初起的表现为咽部充血，进而咽部的黏膜上出现散在的灰白色疱疹，数目多少不等，疱疹周围红肿，1-2天后疱疹可以破溃，形成溃疡。
疱疹也可以出现在口腔的其他部位，伴随症状有咳嗽、流涕。