急性结膜炎可由多种微生物感染所导致，金黄色葡萄球菌是细菌性结膜炎的常见致病菌，流感嗜血杆菌和肺炎链球菌是导致儿童急性结膜炎发病的主要病原体。
此外，病毒也是急性结膜炎常见的病因之一，其中以腺病毒感染最为常见，腺病毒传染性强，可导致暴发性流行，但多呈散发。单纯疱疹病毒感染也很常见，肠道病毒70型也可以导致暴发性流行。急性结膜炎常见于春夏季节，考虑在学校、幼儿园被别人传染，或者是自己没有注意卫生所导致。