最早认为强直性脊柱炎是一组多基因的遗传病，后来也有研究提示它是寡基因病。研究提示该病与MHCⅠ类基因HLA-B27高度相关，迄今已经发现89种以上的HLA-B27亚型，其中较多研究提示AS和与HLA-B2704、B2705和B2702成正相关，在HLA区域内以及HLA区域外，还存在AS的其它易感基因。一般认为强直性脊柱炎可能和泌尿生殖道沙眼衣原体、志贺菌、沙门菌和结肠耶尔森菌等某些肠道病人菌感染有关，推测这些病原体激发了机体的炎症应答和免疫应答，造成组织损伤，从而引起疾病。